在造成胎儿畸形的原因中，环境因素是一项日益重要的因素，目前的生活环境里导致胎儿畸形的物质，比起三、四十年以前增加了许多，医学上把这些对发育中的胎儿有影响，或有副作用的因子，称为“畸胎原”，这些畸胎原包括药物、感染、化学物品及放射线物质等。

胎儿在发育过程中，受到畸胎原的影响，会产生细胞分裂，组织器官的改变导到畸形，甚至死亡，而这种伤害对胎儿来说，是极为严重而且是不可逆转的，畸胎原造成畸形的严重度是取决于下列3个要素，胎儿的怀孕周数、畸胎原剂量的多少、胎儿的体质，即基因遗传形态。

一般而言，怀孕的前三个月，是细胞分化及器官形成的重要时期，畸胎原此时最容易造成胎儿异常，但是在整个怀孕过程中，胎儿都可能会受到畸胎原的影响，胎儿暴露于畸胎原的剂量越高，对于胎儿的畸形伤害也越大。另外同样的畸胎原对不同的胎儿会有不同的病变，而造成这种差异的原因，主要是胎儿的遗传形态所决定。

目前已知约有2％到3％的先天性畸形是由药物所引起的，容易引起畸形的药物包括男性荷尔蒙、酒精、某些抗生素（如四环霉素）、抗凝血剂、抗癌药物、镇定剂等，但是不是所有的上述药物，均会造成胎儿畸形，而只是机率高低的程度。
这些药物影响所造成的畸形不尽相同，但常发生在脑部、心脏血管、颜面和泌尿生殖系统。先天性的胎内感染，也是造成畸形的另一个主因，如德国麻疹、梅毒等。德国麻疹的胎内感染率及致畸形率在前三个月极高，常导致白内障、心脏病及听觉异常，在胎内感染中，最常见的是滤过性病毒（如此上二者），但目前尚未发现有滤过性病毒引起的流行性感冒，导致先天性胎儿畸形的病例。

另外化学物质的污染，例如铅、汞等，均是常见的畸胎原，易导致胎儿生长迟滞，神经系统及智力上的障碍。这种污染常见于工业废水污染河川，但这种化学物品的中毒，均是长时间累积而造成的，孕妇大可不必过分担忧。

放射线的暴露，也是孕妇担忧的另一种畸胎原，其致畸形的效应常视放射线的剂量而定。一般的胸部X光照射，并不足以引起胎儿畸形，但累积的剂量越多，或照射的部位越靠近子宫的话，畸形的危险性越高。

咖啡或茶所含的咖啡因及电脑显示器的辐射量，是否会造成畸形，目前均尚未被证实。